- Fauna Asiatis (Fauna Indonesia Barat)
Terletak
di wilayah Sumatera, Kalimantan, Jawa dan Bali, dibatasi oleh Garis
Wallace yang membentang antara Selat Lombok dan Selat Makassar.
- Fauna Australis (Fauna Indonesia Timur)
Terletak di pulau
Papua dan sekitarnya, dibatasi oleh Garis Weber yang terbentang antara
Laut Tmor, Laut Seram, dan Laut Halmahera.
- Fauna Peralihan (Fauna Indonesia Tengah)
Meliputi di wilayah, Sulawesi, Nusa Tenggara, dan kepulauan Maluku. Letaknya diantara Garis Wallace dan Garis Weber. Fauna endemik adalah anoa, babirusa, burung maleo, dan komodo.